Ricerca sulla biologia del cancro attraverso l’analisi bioinformatica dei dati proteomici
Introduzione
Le scoperte nella proteomica per la ricerca sul cancro generano una serie di dati complessa sul significato diagnostico, prognostico e terapeutico nei tumori nell’uomo. Con l’avvento degli spettrometri di massa ad alta risoluzione, in grado di identificare migliaia di proteine in campioni biologici complessi, solo l’applicazione della bioinformatica può portare all’interpretazione di dati che possono essere rilevanti per la ricerca sul cancro.
Settori considerati
Qui, diamo una panoramica degli attuali strumenti bioinformatici utilizzati nella proteomica del cancro. Inoltre, descriviamo le loro applicazioni negli studi di proteomica nel cancro delle linee cellulari, del siero e dei tessuti, evidenziando i risultati recenti e valutando criticamente i loro esiti.
Opinione degli esperti
L’utilizzo di strumenti bioinformatici è un passo fondamentale per gestire la grande quantità di proteine (da centinaia a migliaia) che possono essere identificate e quantificate dalla proteomica in un campione biologico di cancro. Per gestire questa sfida e ottenere dati utili per la medicina traslazionale, è importante l’uso combinato di diversi strumenti bioinformatici. Inoltre, per l’impostazione migliore dei parametri degli strumenti e l’interpretazione migliore dei risultati della bioinformatica, sono essenziali un’attenzione particolare alla progettazione sperimentale globale e l’integrazione di competenze multidisciplinari sono essenziali.
Riferimento:
Manfredi M, Brandi J, Di Carlo C, Vita Vanella V, Barberis E, Marengo E, Patrone M, Cecconi D. Mining cancer biology through bioinformatic analysis of proteomic data. Expert Rev Proteomics. 2019 Sep;16(9):733-747. doi: 10.1080/14789450.2019.1654862. Epub 2019 Aug 14. PMID: 31398064.
